HClO → HCl +[O]2、次氯酸在、殺毒過程中，不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌體內，與菌體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和體的滲透壓，使其細胞喪失活性。此外，次氯酸鈉還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。絕大多數農藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，所以一般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量（0.001mg/m3）便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象氯氣同水反應會形成鹽酸那樣，對金屬管道造成嚴重腐蝕。