次氯酸鈉發生器的滅原理大致有如下三種作用方式：
1、次氯酸鈉較主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的強氧化性使體和上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其實，cl2消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。
 

根據化學測定，PPM濃度的次氯酸鈉在水里幾乎是*水解成次氯酸，其效率高于99.99%。其過程可用化學方程式簡單表示如下：
NaClO+H2O＝HClO+NaOH
HClO→HCl+[O]
2、次氯酸在、殺毒過程中，不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入體內，與體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。
R-NH-R+HClO→R2NCl+H2O
同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細和體的滲透壓，使其細胞喪失活性。

此外，次氯酸鈉還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農yao。絕大多數農yao都是由有機物組成的，次氯酸鈉所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。
還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象cl2、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，所以一般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量（0.001mg/m3）便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象cl2同水反應會然后形成鹽酸那樣，對金屬管道造成嚴重腐蝕。